Optimización de una técnica de PCR convencional para la amplificación de la región LCR y el gen E6 del virus del papiloma humano tipo 16

Autores/as

  • Natalia Jazmín Díaz-Ferreira Universidad Nacional de Asunción, Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, Departamento de Salud Pública. San Lorenzo, Paraguay https://orcid.org/0000-0001-5690-2167
  • Mabel Rocío Miranda-Echagüe Universidad Nacional de Asunción, Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, Departamento de Salud Pública. San Lorenzo, Paraguay https://orcid.org/0000-0003-2914-3112
  • María Alexandra Mercado Amarilla Universidad Nacional de Asunción, Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, Departamento de Salud Pública. San Lorenzo, Paraguay https://orcid.org/0000-0003-1958-2939
  • Iara Magaly Martínez Pereira Universidad Nacional de Asunción, Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, Departamento de Biología Molecular y Biotecnología. San Lorenzo, Paraguay https://orcid.org/0000-0003-2877-2363
  • Adriana Beatriz Valenzuela Cáceres Universidad Nacional de Asunción, Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, Departamento de Salud Pública. San Lorenzo, Paraguay https://orcid.org/0000-0002-0785-8371
  • Laura Patricia Mendoza Torres Universidad Nacional de Asunción, Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, Departamento de Salud Pública. San Lorenzo, Paraguay https://orcid.org/0000-0001-6124-1244
  • Pamela Esther Mongelós Dacunte Universidad Nacional de Asunción, Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud, Departamento de Salud Pública. San Lorenzo, Paraguay https://orcid.org/0000-0002-7771-3688

DOI:

https://doi.org/10.18004/mem.iics/1812-9528/2022.020.02.13

Palabras clave:

VPH16, PCR, LCR/E6

Resumen

El cáncer de cuello uterino es el cuarto cáncer más frecuente en mujeres en el mundo y a nivel mundial, el VPH 16 se encuentra presente en aproximadamente el 60% de los casos. A la fecha, las variantes de VPH 16 se clasifican en 4 linajes y 16 sublinajes asociándose algunas variantes con severidad de lesión. La secuenciación de la región LCR y del gen E6 es utilizada para la clasificación de variantes. Por ello, el objetivo fue optimizar 2 PCRs convencionales para detectar la región LCR y una PCR para el gen E6. Para ello, se utilizaron muestras positivas para VPH 16, cebadores específicos para la región LCR y el gen E6. Se probaron las reacciones a diferentes temperaturas de anillamientos. La concentración de MgCl2, dNTP y cebadores fueron determinadas siguiendo las recomendaciones del fabricante de la enzima ADN polimerasa utilizada. Para la amplificación de la región LCR y el gen E6 del VPH 16, se observaron mejores resultados a una temperatura de anillamiento de 57°C y 50°C, respectivamente. La concentración de MgCl2 utilizada en ambas reacciones fue de 1,5mM, la de dNTP 0,2mM y la de cebadores 0,2uM. La optimización de la reacción de PCR permitirá obtener amplicones aptos para secuenciación, a fin de determinar las variantes génicas y posteriormente evaluar funcionalidad y actividad transcripcional que puedan estar relacionadas con la patogénesis cervical.

Descargas

Los datos de descargas todavía no están disponibles.

Citas

Burk RD, Chen Z, Van Doorslaer K. Human papillomaviruses: Genetic basis of carcinogenicity. Public Health Genomics. 2009; 12(5-6):281-90.

De Villiers EM, Fauquet C, Broker TR, Bernard HU, Zur Hausen H. Classification of papillomaviruses. Virology. 2004; 324(1):17-27.

Bzhalava D, Eklund C, Dillner J. International standardization and classification of human papillomavirus types. Virology. 2015; 476.

Bernard HU, Burk RD, Chen Z, van Doorslaer K, Hausen H zur, de Villiers EM. Classification of papillomaviruses (PVs) based on 189 PV types and proposal of taxonomic amendments. Virology [Internet]. 2010; 401(1):70-9. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.virol.2010.02.002

Sanjosé S, Díaz M, Castellsagué X, Clifford G, Bruni L. Worldwide prevalence and genotype distribution of cervical HPV in women with normal cytology. Lancet Infect [Internet]. 2007; 7(7): 453-9. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17597569

. Smith JS, Lindsay L, Hoots B, Keys J, Franceschi S, Winer R, et al. Human papillomavirus type distribution in invasive cervical cancer and high-grade cervical lesions: A meta-analysis update. Int J Cancer. 2007; 121(3): 621-32.

de Sanjose S, Quint WGV, Alemany L, Geraets DT, Klaustermeier JE, Lloveras B, et al. Human papillomavirus genotype attribution in invasive cervical cancer: a retrospective cross-sectional worldwide study. Lancet Oncol. 2010; 11(11): 1048-56.

Rolón P, Smith JS, Muñoz N, Klug SJ, Herrero R, Bosch X, et al. Human papillomavirus infection and invasive cervical cancer in Paraguay. Int J Cancer. 2000; 85(4):486-91.

Kasamatsu E, Cubilla AL, Alemany L, Chaux A, Tous S, Mendoza L, et al. Type-specific human papillomavirus distribution in invasive cervical carcinomas in Paraguay. A study of 432 cases. J Med Virol [Internet]. 2012 Oct [cited 2018 Mar 14];84(10):1628-35. Available from: Available from: http://doi.wiley.com/10.1002/jmv.23373

Mendoza LP, Arbiza J, Paez M, Kasamatsu E, Castro A, Giménez G, et al. Distribution of human papillomavirus genotypes in Paraguayan women according to the severity of the cervical lesion. J Med Virol [Internet]. 2011 Aug 1 [cited 2018 Mar 14]; 83(8): 1351-7. Available from: Available from: http://doi.wiley.com/10.1002/jmv.22112

Mongelos P, Mendoza LP, Rodriguez-Riveros I, Castro A, Gimenez G, Araujo P, et al. Distribution of human papillomavirus (HPV) genotypes and bacterial vaginosis presence in cervical samples from Paraguayan indigenous. Int J Infect Dis. 2015; 39: 44-9.

Mirabello L, Clarke M, Nelson C, Dean M, Wentzensen N, Yeager M, et al. The Intersection of HPV Epidemiology, Genomics and Mechanistic Studies of HPV-Mediated Carcinogenesis. Viruses [Internet]. 2018;10(2):80. Available from: http://www.mdpi.com/1999-4915/10/2/80

Xi J, Chen J, Xu M, Yang H, Luo J, Pan Y, et al. Genetic variability and functional implication of the long control region in HPV-16 variants in Southwest China. PLoS One. 2017; 12(8):1-11.

Cornet I, Gheit T, Franceschi S, Vignat J, Burk RD, Sylla BS, et al. Human Papillomavirus Type 16 Genetic Variants: Phylogeny and Classification Based on E6 and LCR. J Virol [Internet]. 2012; 86(12):6855-61. Available from: http://jvi.asm.org/cgi/doi/10.1128/JVI.00483-12

Burk RD, Harari A, Chen Z. Human papillomavirus genome variants. Virology [Internet]. 2013; 445(1-2):232-43. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.virol.2013.07.018

BioRad. iProof TM High-Fidelity PCR Kit. Bio_Rad. 2016. p. 2-3.

Kibbe WA. “OligoCalc: an online oligonucleotide properties calculator.” Nucleic Acids Res. 2007.

Descargas

Publicado

2022-08-01

Cómo citar

Díaz-Ferreira, N. J., Miranda-Echagüe, M. R., Mercado Amarilla, M. A., Martínez Pereira, I. M., Valenzuela Cáceres, A. B., Mendoza Torres, L. P., & Mongelós Dacunte, P. E. (2022). Optimización de una técnica de PCR convencional para la amplificación de la región LCR y el gen E6 del virus del papiloma humano tipo 16. Memorias Del Instituto De Investigaciones En Ciencias De La Salud, 20(2), 13–19. https://doi.org/10.18004/mem.iics/1812-9528/2022.020.02.13

Número

Sección

Articulos Originales

Artículos similares

1 2 3 4 > >> 

También puede {advancedSearchLink} para este artículo.

Artículos más leídos del mismo autor/a