Primera secuenciación de genoma completo de Escherichia coli portadora de mcr-1 en un cerdo en Argentina

Autores/as

  • Juan Leandro Pellegrini Universidad Nacional del Nordeste (UNNE), Instituto de Medicina Regional. Resistencia, Chaco, Argentina https://orcid.org/0000-0003-1546-3940
  • Melina Lorenzini-Campos 1)Universidad Nacional del Nordeste (UNNE), Instituto de Medicina Regional. Resistencia, Chaco, Argentina. 2) Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Buenos Aires, Argentina https://orcid.org/0009-0003-9092-3879
  • Raúl Horacio Lucero Universidad Nacional del Nordeste (UNNE), Instituto de Medicina Regional. Resistencia, Chaco, Argentina https://orcid.org/0000-0002-8781-8512
  • Ariel Amadio Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Buenos Aires, Argentina. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea (IDICAL-INTA-CONICET). Rafaela, Santa Fe, Argentina https://orcid.org/0000-0002-1147-4485
  • Liliana Silvina Lösch Universidad Nacional del Nordeste (UNNE), Instituto de Medicina Regional. Resistencia, Chaco, Argentina https://orcid.org/0000-0002-5096-5578
  • José Alejandro Di Conza Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Buenos Aires, Argentina. Universidad de Buenos Aires (UBA), Facultad de Farmacia y Bioquímica. Buenos Aires, Argentina https://orcid.org/0000-0003-0520-1744
  • Luis Antonio Merino Universidad Nacional del Nordeste (UNNE), Instituto de Medicina Regional. Resistencia, Chaco, Argentina https://orcid.org/0000-0002-7525-3921

DOI:

https://doi.org/10.18004/mem.iics/1812-9528/2024.e22162403

Palabras clave:

colistina, resistencia antibiótica, una salud, secuenciación de próxima generación, (Fuente: MeSH)

Resumen

El objetivo de este estudio es comunicar la primera secuenciación de genoma completo de un aislamiento de Escherichia coli resistente a colistina mediada por el gen mcr-1 obtenido de un cerdo en Argentina. El ADN genómico se secuenció utilizando la plataforma MinION Oxford Nanopore. Las bibliotecas se prepararon utilizando un protocolo SQK-RBK110-96. El proceso de secuenciación se realizó en un MinION Mk1C MIN 101-C, utilizando una flow cell FLO-MIN106. La calidad de las lecturas se evaluó mediante NanoPlot. El ensamblaje de novo se realizó utilizando Canu 1.6 y la calidad de los contigs se evaluó utilizando QUAST. La anotación se realizó utilizando Prokka. CBC20 exhibió una CIM de colistina de 4 µg/mL. El tamaño del genoma fue de 5.178.653 pb con un contenido de GC del 50.31 %. El valor N50 fue 133.250, mientras que el valor L50 fue 21. Se identificaron un total de 11.620 genes, 11.518 secuencias codificantes, 77 ARN de transferencia y 24 ARN ribosómicos. Se observó el serotipo O9:H37 con un secuenciotipo ST-297. Se identificaron siete genes de resistencia, incluyendo mcr-1.5, blaTEM-1B, blaEC-18, blaTEM-70, aph(3')-Ia, mph(A) y sul3. Se observó la presencia de mutaciones puntuales en los genes que codifican las proteínas GyrA (S83L, D87N) y ParC (S80I). Se identificaron cinco tipos distintos de plásmidos, incluidos IncFII, IncY, IncFIB, IncX1 y Col440II. Nuestros hallazgos podrían ayudar a comprender los mecanismos de resistencia antimicrobiana, la epidemiología genómica y la diseminación del gen mcr-1 entre animales y el medio ambiente, lo que potencialmente podría afectar la salud humana.

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Citas

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Publicado

2024-07-31

Cómo citar

Pellegrini, J. L., Lorenzini-Campos, M., Lucero, R. H., Amadio, A., Lösch, L. S., Di Conza, J. A., & Merino, L. A. (2024). Primera secuenciación de genoma completo de Escherichia coli portadora de mcr-1 en un cerdo en Argentina. Memorias Del Instituto De Investigaciones En Ciencias De La Salud, 22(1). https://doi.org/10.18004/mem.iics/1812-9528/2024.e22162403

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