Análisis comparativo estructural de la secuencia pseudo-NLS de las importinas α y el dominio C-terminal de las proteínas ORF6 del SARS-CoV-2 y SARS-CoV
Palabras clave:
ORF6, COVID-19, Carioferinas, 2019-nCoV, acoplamiento molecularResumen
La proteína ORF6 (P6) del SARS-CoV-2 y SARS-CoV tiene la función principal de bloquear la respuesta antiviral en las células infectadas. Estudios revelaron la ausencia de secuencias NLS (señal de localización nuclear) canónicas en la P6, por lo que el posible mecanismo de interacción entre las P6 y las importinas α no queda claro aún, sin embargo, parecen compartir ciertas características con la secuencia pseudo-NLS de las importinas α. El objetivo principal de este estudio fue analizar estructuralmente las semejanzas existentes entre las secuencias del dominio C-terminal de la P6 y la secuencia pseudo-NLS de las importinas α, mediante un análisis computacional del acoplamiento molecular entre estas proteínas y la autoinhibición de la importina α. Para ello, se realizó el alineamiento entre secuencias de la P6 y la secuencia pseudo-NLS de la importina α, seguidamente se procedió llevar a cabo el modelado de estas proteínas y realizar pruebas de acoplamiento molecular entre la P6 (SARS-CoV-2 y SARS-CoV) y la importina α, así como simular la autoinhibición de la importina α. Los datos obtenidos evidenciaron una similitud del 54,5% entre estas secuencias, las simulaciones de acoplamiento molecular revelaron valores de energía libre de unión favorables. El análisis de los complejos reveló que comparten afinidades por los mismos dominios ARM en las importinas α y mismos residuos activos en un 50% en el caso de la P6 del SARS-CoV-2, esto podría sugerir que estas secuencias virales podrían presentar propiedades fisicoquímicas semejantes a las de la secuencia pseudo-NLS de la misma importina α.
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